Olá a todos,

não sei qtos de vcs sabem q a nossa querida e brasileirissima G.aurea é a 1a PC a ter seu genoma sequenciado! Ha alguns anos descobriu-se q algumas Genlisea possuem os menores genomas q se saiba entre todas as angiospermas (plantas com flores), chegando a apenas uns 60 mega bases (60 milhões de letras químicas A, C, T e G). Só como comparação, o genoma humano tem 3,2 bilhões de bases, camundongo 2,7 bilhões, Drosophila 180 milhões, nematóide 100 milhões, Arabidopsis (até então a menor angiosperma) 157 milhões, cana-de-açucar 7,4 bilhões e trigo assustadores 16 BILHÕES!


No artigo da figura e link abaixo, os autores falam apenas de passagem sobre o sequenciamento de G.aurea, focando mais na alta taxa de mutação e de evolução dos genomas de Utrics e Genlisea, além da microfauna simbionte que vive dentro das armadilhas de ambas. Aliás, é sobre isso q falam no sequenciamento de G.aurea, mostrando quais organismos foram identificados pelo DNA nas armadilhas de G.aurea.



http://jxb.oxfordjournals.org/cgi/reprint/61/1/5

O sequenciamento da G.aurea foi feito pelo meu amigo Todd Michael da Universidade de Rutgers, o mesmo q eu, Paulo e Nilber levamos pra Serra do Cipó em maio de 2009 p/ ver G.aurea e outras (http://www.forum.clickgratis.com.br/pla ... 7_s-0.html). Eu ajudei ele a conseguir as plantas usadas nesse estudo, que vieram de cultivo na Europa, mas se originaram de coletas de sementes que fiz em Campos do Jordão, SP, na década de 90.

A tecnologia usada foi o SOLiD (Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection), equipamento fabricado e vendido pela empresa p/ a qual trabalho (Applied Biosystems -- olha a propaganda!!! ) e que eu ajudo a dar suporte em campo. É o q se chama da 2a geração de sequenciamento de DNA, uma entre várias maquinas novas q sequenciam DNA em escalas brutais.

Lembram-se do projeto genoma humano há 10 anos, que demorou 15 anos e custou bilhões de dólares? Pois acreditem ou não, o preço já caiu abaixo dos $10 mil dólares por genoma humano! O SOLiD v4 q será lançado agora em março, por exemplo sequencia 100 bilhões de bases por corrida e baixará o custo do genoma humano p/ ~$6 mil dólares. E a previsão é chegar a 300 bilhões de bases/ ~$3 mil dólares o genoma humano até o final desse ano... Sem falar q a 3a geração de sequenciadores já vem por aí tbm esse ano.


Abs,
Fernando Rivadavia

Pôxa, que bacana!
Então, devo dar os parabéns a vocês também!
É uma satisfação saber que os colegas desse forum estão sempre prontos para dar uma mãozinha em eventos científicos importantes como esse!
Grande abraço!

Muito interessante

Só uma informação adicional. No caso das nossas queridas PC's, não se trata do DNA e sim de RNA, como em todos os vegetais, então não temos bases A, G, C e T, temos A, G, C e U (RNA é composto de Uracilas no lugar de Timinas).

Nós humanos também possuímos Uracilas em nossas células já que possuimos alguns tipos de RNA que têm funções diversas nas transcrições e transdução de sinal no citoplasma.

Quando se dá a replicação do RNA, no entanto, nada muda, pois assim como a Timina, a Uracila também se liga a uma Adenina da fita complementar entao temos por exemplo essa pequena fita de RNA:

A-G-C-G-U-A-U-C

Na célula, quando essa fita de RNA tiver de ser replicada, forma-se uma fita complementar que se liga à original pelas suas "contrapartes". Ou seja, Adenina se liga a Uracila, e Citosina a Guanina. Essa ligação se dá graças a pequenos "pontos de partida" chamados de Primers (é como se fosse o feixo do zipper fechando o zipper), entao forma-se a fita complementar, complementar à original.

A-G-C-G-U-A-U-C
U-C-G-C-A-U-A-G

E em seguida formam-se outras fitas iguais a original a partir da complementar que foi construida.

Por fim voltando ao assunto, quem sabe num futuro mediamente breve teremos o RNA de grande parte das nossas PC's favoritas e mais estudos a elas relacionados

Oi André,

Eu acho que você confundiu vegetais com retrovírus.... rsrsrs

Todos os seres vivos (plantas, animais, bactérias, fungos, protozoários e boa parte dos vírus, exceto pelos retrovírus, se você considerar vírus como seres vivos, claro) têm como material genético o DNA e todos usam o RNA como intermediário para a síntese de proteínas (e mais algumas funções diversas que os diferentes tipos de RNA podem executar).


Abs,

Ih André, viajou, hehehe!!

Paulo, por onde vc anda cara??

Abs, Fernando

Paulo, me expressei errado por ter começado a explicar o que eu queria da metade e não do começo, mas em momento algum eu disse que as plantas não possuem DNA, e no post estou me referindo ao citoplasma celular, e não ao núcelo, e sim, o RNA é responsável pela maioria das funções celulares envolvendo material genético dentro da célula.

Quanto aos vírus, é um assunto pra lá de interessante e polêmico. Eu particularmente considero os virus como seres vivos, posi possuem material genético próprio. Alguns virus inclusive são mais complexos do que se imagina, de forma que assim como os outros seres vivos, possuem seu DNA (identidade genética) e TAMBEM possuem RNA para outras funções.

Quando eu estudava Dicty (Dictyostelium discoideum), um protista eucarioto, estudei tambem alguns bacteriófagos (meus vírus favoritos) que vivem em simbiose com alguns protistas. Vivem no interiror das suas células sem causar dano algum, e se replicam justamente defendendo a célula do protista contra bactérias que tentam infecta-lo.

Mais uma observação. Com o sequenciamento genético das PC's, há uma maior possibilidade de desvendar mistérios sobre questoes ainda não completamente respondidas, como se algumas bromélias são ou não carnivoras ^^

Bom André, então se expressou mal e tbm não leu direito minha mensagem inicial, rsrsrs!

Veja q escrevi sequenciamento de "genoma". Isto refere-se ao total do DNA da célula, o q p/ plantas inclui o DNA nuclear, mitocondrial e de cloroplasto.

Se eu tivesse escrito "transcriptoma", aí sim estaríamos falando de todo o RNA presente na célula, sendo no citoplasma ou dentro do núcleo e das organelas.


Abs, Fernando

Olá Fernando! Que legal!!!
Mas diga-me uma coisa... O genoma da G. aurea não está montado num contig, correto? O (sonho de consumo) SOLiD não exatamente sequencia genomas mas resequencia, ou seja, sem um genoma padrão para alinhar as mini-sequências, como foi montado o genoma da coitadinha?
Eu li o artigo, mas lá só analisaram as sequências obtidas pelo SOLiD comparando-as com genomas bacterianos e cianobacterianos, e o artigo comenta a Fig. 2 como o resultado de "um primeiro experimento"... Fale para o seu amigo, que estamos curiosos e queremos mais :D

Olá Roberto, vc tem toda a razão! Eles só falaram das sequências bacterianas e não de G.aurea nesse artigo.

Qto a montagem de contigs, o SOLiD, como outras tecnologias novas, produz sequências curtas q são difíceis de alinhar em contigs compridos, completando a cobertura total dos cromossomos, se vc não tiver uma sequencia referência pra ajudar. Mas a facilidade de montagem deste quebra-cabeças aumenta a medida q vc aumenta a cobertura total (a quantidade de sequenciamento).

Por isso, com as sequencias obtidas, não foi possivel conseguir contigs muito grandes p/ o DNA nuclear, pois a quantidade de sequencia obtida correspondia a uma cobertura total de apenas 10-20X do DNA nuclear, se me lembro bem.

Mas... os genomas mitocondriais e de cloroplastos sao super pequenos em comparacao -- sem falar q cada célula tem apenas um núcleo mas milhares de mitocondrias e de cloroplastos. Por isso, no total de DNA usado para fazer o sequenciamento, sempre há uma super-representação relativa de DNA mitocondrial e de cloroplasto, comparando com o nuclear.

O Todd tentou separar apenas núcleos p/ fazer a extração de DNA, mas mesmo assim ainda teve mta "contaminação" acidental de mitocondriais e de cloroplastos. Como resultado, a cobertura gerada p/ estes dois genomas menores foi na faixa de centenas ou milhares de vezes (não lembro direito). O Todd me contou q isso permitiu "fechar" a sequencia completa do cloroplasto de G.aurea e quase completa da mitocôndria. não sei quando nem onde eles irão publicar isso.

Quando eles fizeram este sequenciamento, o SOLiD estava na versao 2, e sequenciava 35 bases no que chama-se bibliotecas "fragment" (sequências únicas) e 25bp na biblioteca de mate-pair (sequencias interligadas, com uma distância conhecida entre elas, facilitando o mapeamento e formação de contigs). Eles tentaram fazer algumas corridas com outra tecnologia chamada 454, que produz sequencias mais longas, mas em menor quantidade. Mas as extrações de DNA não ficaram boas o suficiente p/ aquele método e não conseguiram sequenciar.

Já está prestes a sair a versão 4 do SOLiD que lê 50 bases nas bibliotecas fragment e mate-pair, facilitando assim o mapeamento/ alinhamento. E será possivel fazer outra coisinha chamada "paired-end", que permite ler a sequencia no sentido contrário, aumentando assim a leitura de 50 para umas 75bp, facilitando ainda mais a montagem final.

Sem falar q a quantidade de sequenciamento por corrida aumentou significativamente desde a v2, barateando o custo do processo e permitindo obter maiores coberturas pelo mesmo preço. Acho q serão 100 giga-bases (bilhoes) por corrida na v4 e umas 300Gbp até o final do ano na v4HQ...


Abs, Fernando

Olá Fernando,

eu não entendo nada de genética além do Carolus Linnaeus que ví no ensino médio mas
quase contribuí para esse estudo ... ... as genliseas não produziram as prometidas sementes,
fiquei devendo ao Todd. Será que ainda seriam necessárias?

Um abraço.

Carlos.